Najważniejszym organem STP jest coroczne Walne Zgromadzenie, które wybiera Zarząd Stowarzyszenia (7-15 osób) oraz Komisję Rewizyjną, a także zatwierdza budżet oraz plany działalności na kolejny rok. Prawo głosu na Walnym Zgromadzeniu mają wszyscy członkowie STP z aktualnie opłaconą składką.
Zarząd STP jest odpowiedzialny za bieżącą działalność Stowarzyszenia, jego wydatki oraz zatwierdzanie działań Grup Projektowych. Zebrania zarządu odbywają się raz w miesiącu i każdy członek STP może brać w nich udział. W ramach Zarządu określone są następujące funkcje:
- Prezes – odpowiadający za koordynację prac Zarządu oraz reprezentowanie Stowarzyszenia w kontaktach z zewnętrznymi partnerami
- Skarbnik – odpowiadający za finanse Stowarzyszenia
- Sekretarz – odpowiadający dokumenty i sprawy formalne, a także komunikację z członkami i partnerami STP
- Komisje odpowiadające za konkretne działania Stowarzyszenia
- Komisja ds. członkostwa – odpowiadająca m. in. za rozpatrywanie aplikacji członkowskich
- Komisja ds. dyscyplinarnych – rozpatrujące skargi i wnioski dotyczące nieprzestrzegania Kodeksu Postępowania STP
- Akademia Techniczna – odpowiadająca za działalność szkoleniową STP
Komisja rewizyjna to niezależny od Zarządu organ którego rolą jest kontrolowanie finansów STP oraz działalności jego władz.
Oprócz formalnej struktury, w ramach STP funkcjonują również Grupy Projektowe – zespoły, które realizują poszczególne projekty Stowarzyszenia.
Niezależnie od Stowarzyszenia funkcjonuje również fundacja charytatywna – Fundusz Samopomocy STP, do której należą wszyscy członkowie Stowarzyszenia. Celem Funduszu Samopomocy STP jest wspieranie członków STP którzy znaleźli się w trudnej sytuacji życiowej lub finansowej.
